初等教育系的前身为上海师范高等专科学校。1997年并入上海师范大学，成立初等教育学院，承担培养本科层次小学教师的任务。2002年，上海师范大学进行内部结构调整，教育学院、学科教育研究所、初等教育学院合并，成立新的教育学院，并设立初等教育系，继续承担高层次小学优秀师资的培养任务。
初等教育系现任系主任王健副教授，副主任钟文芳副教授。该系下设一所一中心和六个教研室，分别为小学教育研究所、小学语文教学研究中心、小学教师教育教研室、中文教研室、数学教研室、英语教研室、科学教研室。初等教育系直接从事教学和研究的专任教师22人，教授2人，副教授16人，讲师3人；具有博士学位教师14人，硕士学位教师4人；博士生导师2人，硕士生导师14人。
初等教育系设有小学教育本科专业，分文科和理科两个方向。该专业1999开始招收本科学生。12年来共招收本科生3060名，毕业学生13届，毕业生总数为2340名。2008年小学教育首批被列入教育部重点建设的二类特色专业。2014年获教育部卓越小学教师培养项目。2010年小教专业硕士学位点获批，2016年初等教育学硕士学位点获批。经过几代人的努力，小学教育专业已建设和发展成为上师大教师教育和新教师培养的特色和龙头专业之一，在全国师范大学和小教本科教育领域有很高的知名度和影响力。
初教系小学教育本科专业率先在全国提出“大文大理”的专业培养模式，并强调大学通识教育、学科综合教育和小学教师职业教育的有机结合。这一模式得到了国内小学教师教育界的广泛认同，约有70%以上的院校借鉴该培养模式进行本科层次小学教师的培养，初教系率先开发的课程和编写的教材为全国大多数同类院校所采用，对推进我国小学教师教育的高学历化和高质量作出了重要贡献。经过几十年努力，小学教育专业在人才培养和教育教学方面呈现如下特点：
培养模式凸现特色。在总结国内外小学教育专业培养模式的基础上，初教系构建了新的具有自身特色的小学教师培养模式和培养方案，为国内同类学校的专业建设提供参照摹本。
课程教材建设突出品牌。 初教系共获得教育部、市、校三级精品与重点课程建设17项，其中教育部教师教育精品课程3项，市级精品课程1项，市级重点课程3项，校级课程建设项目10项。围绕课程建设，共出版教材54部，为提高本专业的整体教学水平，提升本专业在全国的影响力提供了重要保障。
教学研究成果强调一流。抢抓上海市教师教育高地建设的良机，专业教师潜心研究教学，在各级各类刊物共发表论文300多篇，获得教学成果奖12项，其中市级教学成果奖4项，校级成果奖6项，。
实践基地建设注重合作双赢。根据专业建设需要，初教系调整与增加了教育实践基地，现有的基地学校为27所。通过派驻专家、合作研讨等多种形式，帮助实践基地完善见实习带教制度，提高实践基地的带教水平。
人才培养强调优秀和卓越。小学教育专业学生培养质量在原有基础上得到进一步提升，学术视野开阔，知识储备丰富，实践能力增强。毕业生就业率保持在99%以上，并获得用人单位的认可和较高的社会评价。
教师队伍建设注重专业发展和团队合作。师资队伍结构合理，教师团队凝聚力增强，教师个体成长加快。由惠中教授领衔的“小学教师教育课程教学团队”入选上海市高校市级教学团队。吴忠豪教授和杨庆余副教授作为全国著名的小学教师培养专家领衔2010小学语文、数学骨干教师国培计划。多位教师完成学历进修与境外访学研修。
未来，初等教育系全体教师将以探索形成“临床专家型”小学卓越教师培养模式、学科内涵与特色建设为目标定位（三种能力导向：问题诊断＋课堂反思＋案例解决；三类教师：教学实践反思的能手与有效教师；课堂问题诊断与解决的临床专家教师；教学专业发展中的个性化卓越教师；）以促进小学教师教学专业化发展为导向，以小教本科专业人才培养质量为抓手，以教师教育培养模式改革、课程与教材建设、教育实践能力提高为突破口，以师资队伍建设、教学手段更新为保障，全面提升小教专业和学科建设水平，为把小教专业建设成为小学教师职前培养和职后培训一体、本硕博衔接的中国小学教师教育和人才培养的领头羊、知名品牌和龙头专业，并成为培养中国小学卓越教师的摇篮和航母基地而不懈努力。